Jasa As-Syeikh Ali Umar Thoyyib R.A tidaklah dapat di untai hanya dengan perkataan. Begitu besar dan amatlah mulia apa-apa yang telah Beliau R.A curahkan terhadap Islam dan kaum muslimin. Sungguh hidupnya telah dihabiskannya hanya untuk Allah SWT dan meneruskan perjuangan Rasulullah SAW untuk Berdakwah dan Melayani Ummat.
Sebagai seorang makhluk, saat berpulang dari alam yang fana’ menuju alam keabadian adalah telah menjadi ketetapan-ya. Tatkala berpindah dari alam ini sudah digariskan-Nya tanpa ada sesuatu apapun yang dapat merubah dan menunda. Itulah kebesaran dan kekuasaan-Nya yang Azaly. Setelah menghabiskan seluruh waktunya untuk berdakwah, mengajar dan mengabdi kepada ummat.
Bagi Beliau R.A bertemu Allah SWT adalah dambaan besar dari lubuk hati yang telah dipenuhi bejana cinta dan rindu kepada Allah SWT dan Rasul-Nya Nabi Muhammad SAW. Beliau R.A termasuk seorang yang terdapat dalam Kata Mutiara Syair : Al-Quthub Sayyidunal Habib Muhammad Bin Ahmad Al-Muhdhor R.A.
احب لقاء اللّٰه لما احبه سعيد شهيد قد قضى فيه نحبه
“Dia Cinta Untuk Bertemu Dengan Allah SWT, Ketika Allah SWT Mencintainya. Dia Beruntung Pula Syahid.” (Maqolah)
Ruh suci yang menghadap Allah SWT diantar oleh Imam dari semua manusia suci, sungguh suatu anugerah yang tak terukur nilainya. Pada Detik-detik Menjelang Beliau R.A Wafat, anak ke 7 Beliau R.A, Muhammad Ja’far Shodiq sakit, selama dalam satu tahun Beliau R.A yang selalu merawatnya. Dan pada tanggal 19 September 2007, Bapak DR H. Susilo Bambang Yudhoyono selaku Pembina/Ketua Umum Majelis Dzikir SBY Nurussalam Pusat. Mengajak Beliau R.A untuk menunaikan ibadah Umrah dan bersama para pengurus Majelis Dzikir SBY Nurussalam yang ada di Propinsi di Indonesia. Setelah sampai disana Beliau R.A berdo’a di depan Ka’bah Baitullah untuk Ummat Islam yang ada dinegeri ini supaya adil dan makmur dan dikhususkan untuk kesembuhan anak Beliau R.A yang sedang terbaring sakit, Dan tidak lama Beliau R.A pulang dari Umrah, Alhamdulillah anak Beliau R.A sembuh.
Lalu tidak lama kemudian Beliau R.A terbaring sakit dan didalam satu tahun Beliau R.A sakit, sudah sering Beliau R.A keluar masuk dan dirawat di Rumah Sakit Muhammad Husien Palembang, dan Rumah Sakit Pelabuhan Boom Baru 5 Ilir Palembang. Dan pada hari Rabu Malam Kamis setelah Sholat Magrib Beliau R.A menyuruh anaknya yaitu Al-Ustadz Abul Hasan As-Syadzili untuk di ambilkan air Zam-zam yang ada di dekat Beliau R.A lalu Beliau R.A meminum air Zam-zam tersebut, setelah itu Beliau R.A menyuruh anak-anaknya dan murid-muridnya untuk dibacakan Ratibul Haddad dihadapan Beliau R.A, dan disaat itu juga Beliau R.A berpulang ke Rahmatullah dengan penuh kemuliaan sambil menyebut “Ya Allah…”Pada Hari Rabu Malam Kamis bertepatan tanggal 21 Dzulqoidah 1429 H / 19 November 2008 Mdi Rumah Sakit Pelabuhan Boom Baru 5 Ilir Palembang, dalam usia 56 Tahun.
Dimana waktu tersebut biasa Beliau R.A mengajar di Masjid Daarul Muttaqien Pasar Kuto 8 Ilir Palembang dengan tema ”Adabul Islam Fi Binail Insan.” yang rutin setiap hari rabu malam kamis setelah sholat magrib, lalu Beliau R.A di bawa oleh murid-muridnya kerumah adik Beliau R.A yaitu Al-Ustadz Ahmad Umar Thoyyib R.A di Jalan Perintis Kemerdekaan Lorong Air Panas 5 Ilir Palembang.
Dengan cepat tersebar luas berita kewafatan Beliau R.A ummat seakan tak percaya akan berita yang mereka dengar,para murid dan pencinta Beliau R.A berduyun-duyun datang untuk memberikan penghormatan yang terakhir kepada Ulama Besar Gurunya para Guru yang ada di Kota Palembang maupun yang ada di luar kota Palembang.
Mereka kehilangan sosok panutan ummat yang selama ini Mengayomi dan Memberikan Perhatian kepada mereka. Lantunan Surat Yasiin, Tahlil dan Do’a tanpa henti bergema di kediaman Adik Beliau R.A . Sekitar rumah duka penuh sesak oleh para pentakziyah, entah dari mana datangnya, para pentakziyah laksana gelombang air yang terus mengalir.
Keesokan harinya hari kamis, setelah di sholatkan di rumah duka oleh para pentakziyah yang di Imami oleh anak Beliau R.A Al-Ustadz Abul Hasan As-Syadzili, lalu pada jam 15.20 WIB jenazah Beliau R.A dibawa oleh pentakziyah ke Masjid Daarul Muttaqien 8 Ilir Kuto Batu Palembang untuk di tahlilkan dan di sholatkan, Dan jenazah Beliau R.A sempat dua kali di sholatkan, sholat jenazah yang pertama yang di imami oleh murid Beliau R.A Al-Ustadz Al-Habib Umar Abdul Aziz Bin Abdurrahman Syahab dan sholat jenazah yang kedua yang di imami oleh murid Beliau R.A juga yaitu Al-Ustadz Al-Habib Hamid Bin Umar Al-Habsyi.
Lalu jenazah Beliau R.A di antarkan oleh ribuan para pentakziyah dari berbagai kalangan apapun ke TPU Kandang Kawat Duku Palembang, dan tidak jauh dari makam Al-‘Allamah Al-Habib Abdurrahman Bin Muhammad Bin Pangeran Syarif Ali Bin Syech Abu Bakar R.A. Beliau R.A meninggalkan seorang istri dan delapan orang anak, lima laki-laki dan tiga perempuan. Istri Beliau R.A Hj. Nur’Aini Binti Usman. Dan anak-anak Beliau R.A yaitu :
1. Abul Hasan As-Syadzili
2. Robi’atul Adawiyah
3. Ummi Salamah
4. Ahmad Al-Muhajir
5. Abdullah Uwes Al-Qoroni
6. Fatimatuz Zahroh
7. Muhammad Ja’far Shodiq
8. Syarif Hidayatullah Ibnu As-Syeikh Ali Umar Thoyyib
Dan hingga saat ini makam Beliau R.A selalu diziarahiorang yang datangdari berbagai daerah, Beliau R.A tidak meninggalkan harta dunia, namun yang Beliau R.A tinggalkan adalah jasa, kenangan baik, ilmu yang ada di dalam dada putra-putri dan para murid-murid Beliau R.A justru inilah yang menjadi warisan paling penting dalam kehidupan kita yang fana’ ini.
Banyak Kemuliaan-Kemuliaan(Karomah) yang dimiliki As-Syeikh Ali Umar Thoyyib R.A yang telah terjadi dan disaksikan langsung oleh para murid-muridnya, namun Beliau R.A sama sekali tidak pernah membicarakannya. Karena sejatinya, karomah yang terbesar adalah Kerutinan (Istiqomah) Beliau R.A dalam berbagai amal kebajikan. Sebagaimana Sabda RasulSAW :
الإستقامة خير من ألف كرامة
“Kerutinan (Istiqomah) Lebih Utama (Afdhal) Dari Seribu Kemuliaan (Karomah).”(Al-Hadist).
Istiqomah Beliau R.A yang paling menonjol adalah ibadah, mengajar dan mendidik para muridnya dengan tak kenal lelah dan pantang menyerah.
Sepeninggal Beliau R.A semua kegiatan dakwah dilanjutkan oleh putra pertama Beliau R.A sekaligus KhalifahBeliau R.A yaitu : Al-Ustadz Abul Hasan As-Syadzili. Setelah wafatnya As-Syeikh Ali Umar Thoyyib R.A Majelis Ta’lim Wat Tadzkir Al-Awwabien,Majelis Maulid Simtud Duror Dan Ratibul Haddad setiap malam 14 pada bulan Hijriyah setelah sholat Isya’ di Masjid Daarul Muttaqien Pasar Kuto Palembang.
Dzikir Ratibul Haddad setiap malam Minggu di Masjid Agung Sultan Mahmud Badarudin SMB 19 Ilir Palembang setelah sholat Isya’, Ziarah Ulama Dan Habaib Palembang Darussalam Majelis Al-Awwabien setiap minggu ketiga pada bulan Sya’ban,menghadiri Haul Dua Maha Guru Besar Majelis Al-Awwabien Al-Imamein R.A di Pondok Pesantren Daarul Hadist Al-Faqihiyyah Malang – Jawa Timur pada setiap hari minggu terakhir bulan Jumadil Akhir,setelah itu ziarah ke makam Wali Songo R.A,dan Mengajar di berbagai Masjid dan Musholla dimana tempat Beliau R.A Mengajar.